Gempa megathrust menghantam ibukota yang membuat kota tersebut terpisan dari kepulauan utama, sepuluh tahun setelah kejadian tersebut satu kelompok yang menamakan diri mereka Pedang Dewa menguasai kota tersebut.
pemerintah yang tengah kekurangan anggota keamanan merekrut warga sipil dan dilatih untuk mengambil alih daerah daerah yang di duduki oleg kelompok pedang dewa. namun sayang seluruh upaya mereka gagal.
dua tahun kemudian pesawat angkutan yang membawa keluarga dan staff ke presidenan jatuh dan mendarat di tengah Batavia square, seluruh penumpang disandera, Malajenda sang pemimpin Kelompok pedang dewa meminta tebusan berupa sejumlah uang dan hasil riset bio nuklir yang tsngah dikembangkan.
seorang veteran perang dan narapidana nusa kambangan di bebaskan untuk misi ini, dapatkah snake menyelesaikan misi tersebut dan keluar dalam keadaan hidup dari Batavia?